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Frantz DEPAULIS

Chercheur
Chargé de recherche
Biologie
Physique
théorie de la coalescence, inférence, interface théorie données, démographie, structuration de populations, sélection naturelle, séries temporelles
CNRS
Département de biologie
Publié le
15 juin 2021
, modifié le
10 janvier 2022
Frantz Depaulis
Institut de biologie de l’ENS (IBENS)
6ème étage, bureau 608
46, rue d'Ulm 75230 Paris cedex 05
01 44 322344
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Je travaille sur le polymorphisme moléculaire des populations à l’interface théorie données. Je développe et applique des méthodes d’inférence statistique sur les processus évolutifs sous-jacents à la distribution de la variation moléculaire.

Champ de recherche

Les méthodes d’analyse que je développe ou (et) utilise reposent principalement sur la théorie probabiliste des arbres évolutifs coalescents. J’utilise en particulier l’apport des séries temporelles de données.

Je m’intéresse à l’impact sur le polymorphisme moléculaire des échanges génétiques, des processus évolutifs démographiques, de structuration de population et de la sélection naturelle.

Les organismes d’applications sont très variés (drosophile, mil, homme, ADN ancien d’ours des cavernes et d’aurochs…). Ces dernières années je me suis focalisée sur l’évolution virale (VIH, HCV et SARS-CoV-2).

Publications

  • Navascués M, Legrand D, Campagne C, Cariou ML, Depaulis F 2014. Distinguishing migration from isolation using genes with intragenic recombination: detecting introgression in the Drosophila simulans species complex. BMC Evolutionary Biology 14: 89.
  • Chaillon A, Samleerat T, Zoveda F, Ballesteros S, Moreau A, Ngo-Giang-Huong N, Jourdain G, Gianella S, Lallemant M, Depaulis F, Barin F 2014. Estimating the Timing of Mother-to-Child Transmission of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Using a Viral Molecular Evolution Model. PLoS ONE 9: e90421.
  • Enard D, Depaulis F, Roest Crolluis H 2010. Human and non-human primate genomes share hotspots of positive selection. PLoS Genet 6:e1000840.
  • Depaulis F, Orlando L, Hanni C 2009. Using classical population genetics tools with heterochroneous data: time matters! PLoS One 4: e5541.
  • Depaulis F, Mousset S, Veuille M 2003. Power of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking. J Mol Evol 57 Suppl 1:S190-200.
  • Barton NH, Depaulis F, Etheridge AM 2002. Neutral evolution in spatially continuous populations. Theoretical Population Biology 61 :31-48.
  • Depaulis F, Veuille M 1998. Neutrality tests based on the distribution of haplotypes under an infinite site model. Molecular Biology and Evolution 15 : 1788-1790.

Publications de Frantz DEPAULIS