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Denis THIEFFRY

Chercheur
Professeur des universités
Invited Research Professor (part-time) at the Cancer Sciences Institute, National University of Singapore
Biologie
biologie computationnelle, modélisation dynamique des réseaux de régulation cellulaires
ENS-PSL
Département de biologie
Publié le
15 juin 2021
, modifié le
21 décembre 2021
Denis Thieffry
2ème étage, bureau 240a
46, rue d'Ulm 75230 Paris cedex 05
01 44 322352
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Researchgate

Professeur de Biologie des Systèmes à l’ENS, je dirige une équipe de recherche en biologie computationnelle à l’IBENS. Cette équipe vise à déchiffrer les réseaux de régulation qui contrôlent la prolifération, la différentiation et la mort cellulaire, ainsi qu’à modéliser leurs comportements dynamiques.

Champ de recherche

Notre équipe combine trois approches interdisciplinaires pour modéliser le comportement des réseaux de régulation moléculaire.

La première approche s'appuie sur le développement de la suite logicielle RSAT dédiée à l'analyse de données génomiques fonctionnelles (ChIP-seq, transcriptome) afin de délimiter des régions cis-régulatrices (promoteurs, activateurs) et leur rôle dans le contrôle de l'expression des gènes.

La seconde approche s'appuie sur le développement de méthodologies d'analyse conjointe de données génomiques fonctionnelles complémentaires à grande échelle (RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, pour des populations ou des cellules uniques) afin de décrypter les mécanismes moléculaires à l'origine des états biologiques observés.

La troisième approche s'appuie sur le développement du logiciel GINsim consacré à la modélisation dynamique et à l'analyse des grands réseaux de signalisation/régulation.

Ces développements méthodologiques sont motivés et appliqués à l'étude de réseaux de régulation contrôlant la spécification, la différenciation et la reprogrammation cellulaire chez l'animal, en particulier des cellules du système immunitaire, en étroite collaboration avec plusieurs équipes expérimentales.

Publications

  •  Floc’hlay S, Molina MD, Hernandez C, Haillot E, Thomas-Chollier M, Lepage T, Thieffry D (2021). Deciphering and modelling the TGF-β signalling interplays specifying the dorsal-ventral axis of the sea urchin embryo. Development 148: dev189944.
  • Grandclaudon M, Perrot-Dockès M, Trichot C, Karpf L, Abouzid O, Chauvin C, Sirven P, Abou-Jaoudé W, Berger F, Hupé P, Thieffry D, Sansonnet L, Chiquet J, Levy-Leduc C, Soumelis V (2019). A quantitative multivariate model of human dendritic cell-T helper cell communication. Cell 179: 432-447.
  • Naldi A*, Hernandez C, Abou-Jaoudé W, Monteiro PT, Chaouiya C*, Thieffry D* (2018). Logical modelling and analysis of cellular regulatory networks with GINsim 3.0. Frontiers in Physiology 9: 646.
  • Collombet S, van Oevelen C, Sardina-Ortega JL , Abou-Jaoudé W , Thomas-Chollier M, Graf T*, Thieffry D* (2017). Logical modeling of hematopoietic cell specification and reprogramming. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114: 5792-9.
  • Di Stefano B, Collombet S, Jakobsen JS, Wierer M, Lackner A, Sardina JL, Segura-Morales C, Stadhouders R, Limone F, Mann M, Porse B, Thieffry D, Graf T (2016). How C/EBPα creates elite cells for pluripotency. Nature Cell Biology 18: 371-81.

Publications de Denis THIEFFRY